• Monday May 20,2019

Catégorie - génomique


Utilisation de vos données 23andMe dans Plink

Utilisation de vos données 23andMe dans Plink

Avec le récent prix de 99 $ pour 23 et moi beaucoup de mes amis ont acheté des kits (enfin!). Les résultats d’interprétation de 23andMe sont assez riches maintenant, mais il manque encore des choses. Il existe de nombreux outils tiers que vous pouvez utiliser, mais je sais que certaines personnes voudront peut-être effectuer leur propre analyse de données. Vous p

Parahistoire Pathan

Parahistoire Pathan

Akbar, empereur moghol Dans Strange Parallels, Victor Lieberman a fait référence à «Pathans turcicisés». Ce terme m’a rongé. Pour avoir une idée du contexte, Lieberman esquissait l’impact de la civilisation islamique sur la civilisation indienne. Parfois, cet «impact» était très littéral. Les armées arab

Sur l'instrumentalisme phylogénétique

Sur l'instrumentalisme phylogénétique

Les tests ADMIXTURE et STRUCTURE ne sont pas des tests de mélange formels. Oui! En fait, dans la communauté de la «science ouverte», ce problème se répète encore et encore , car les gens sont souvent déconcertés (notre public ne comprend généralement pas de généticiens de la population ni de phylogénéticiens). Il est donc p

L'impact des tests d'ascendance génétique

L'impact des tests d'ascendance génétique

Attitudes sur les tests d'ascendance de l'ADN: L’industrie des tests d’origine génétique a plus de dix ans, mais les détails à ce sujet demeurent un mystère: il n’existe aucune donnée empirique fiable sur le nombre, les motivations et les attitudes des clients à ce jour, le nombre de produits disponibles et leurs caractéristiques, ou les coutumes et pratiques standard de l'industrie qui ont émergé en l'absence de réglementations gouvernementales spécifiques. Nous fournissons

La génomique personnelle: plus que du plaisir et des jeux

La génomique personnelle: plus que du plaisir et des jeux

Actuellement, mon principal intérêt pour la génomique personnelle est la pure récréation. Je ne m'attends pas à beaucoup d’utilité, car beaucoup de corrélations entre gènes (SNP, etc.) et traits / maladies sont plutôt faibles. Mais il y a des exceptions. Récemment, on m'a administré temporairement un médicament sur ordonnance et je voulais vérifier si j'étais un métaboliseur rapide ou lent. Selon la documen

WDIST, Plink, mais plus vite?

WDIST, Plink, mais plus vite?

Les lecteurs de longue date savent que je passe beaucoup de temps avec Plink, développé par Shaun Purcell. Cela dit, même avec les modestes ensembles de données avec lesquels je joue, j’ai dû recourir à l’écriture de scripts shell pour effectuer diverses manipulations Plink en série et les laisser fonctionner pendant la nuit. Eh bien, p

Pourquoi changeons-nous encore?

Pourquoi changeons-nous encore?

Je remarque que l’été dernier, Karl Smith a demandé «Pourquoi y a-t-il des personnes de petite taille?». Sa logique est plutôt bonne, à part le fait que la variation de la condition physique semble être beaucoup plus marquée chez les hommes que chez les femmes (il ya des preuves que j’ai vu les femmes plus courtes peuvent être plus fertiles, bien que cela soit contrebalancé par le fait que les femmes plus grandes semblent pouvoir mieux gérer la gestation). Quoi qu’il en

Le gène (machine) et nous

Le gène (machine) et nous

Sur le spectre de l'IEEE, Eliza Strickland a publié un long article, The Gene Machine and Me, qui relate son expérience en matière de séquençage d'exome (environ 1% du génome, soit 30 milliards de paires de bases codées). En tant que IEEE Spectrum , l’accent est mis sur la technologie génomique, mais je pense que cela aura autant d’intérêt dans 10 à 20 ans que les variétés de moteurs à combustion de l’année 1900 le sont pour nous. En d’autres termes,

Le génome est une structure, pas seulement une abstraction

Le génome est une structure, pas seulement une abstraction

Voici un rapide suivi de l’étude qui visait à illustrer les lacunes de la prévision des risques génomiques et qui a fait l’objet d’une couverture médiatique importante: Neil Risch, PhD, expert en génétique statistique et directeur de l'Institut de génétique humaine UCSF, approuve l'une des principales conclusions présentées par les auteurs de l'étude, le reporter de Times et d'autres experts cités dans la couverture médiatique: les études en génomique ont plus de valeur pour leur potentiel à conduire à une meilleure compréhension des maladies au niveau mondial que pour leur pouv

Pourquoi ne pas publier les données pour les papiers phylogénétiques?

Pourquoi ne pas publier les données pour les papiers phylogénétiques?

Le mois dernier, j’ai noté qu’un article sur les conclusions spéculatives sur les origines phylogénétiques des Aborigènes d’Australie était entravé par le fait que les auteurs n’avaient pas divulgué les données au public (plus précisément à leurs pairs). Il y a probablement des raisons politiques à cela en ce qui concerne les ensembles de données Aborigènes d'Australie, aussi je ne leur en veux pas (enfin trop, au moins. J'accepterais pro

Utilisation de vos données 23andMe: exploration avec MDS

Utilisation de vos données 23andMe: exploration avec MDS

Remarque : veuillez lire le post précédent sur ce sujet si vous ne le voulez pas. L'image ci-dessus est de 23andMe. Cela provient d'une caractéristique qui semble avoir été un peu marginalisée avec leur composition d'ascendance. En gros, les clients de 23andMe sont projetés sur une visualisation de la variation génétique à partir du jeu de données HGDP. Il s’agit

La traînée délétère comme effet secondaire de l'adaptation

La traînée délétère comme effet secondaire de l'adaptation

The Pith: Evolution est un artiste bâclé. Sur la zone focale de l’énergie créatrice, l’adaptation peut sculpter avec précision, mais des phénomènes effrayants peuvent surgir en marge du paysage génétique en raison de l’inattention. En d'autres termes, l'adaptation présente souvent des inconvénients. Il y a quelques

Le crash de 2007 des coûts de séquençage du génome

Le crash de 2007 des coûts de séquençage du génome

Dr. Daniel MacArthur suggère: Maintenant, nous ne voulons pas que tous ceux qui travaillent dans le domaine de la génomique commencent à utiliser la même diapositive bleu-sur-gris pour illustrer le datapocalypse imminent; J'encourage donc les gens à télécharger les données brutes (avertissement: fichier Excel) et à créer leurs propres belles images. Mes tent

L'avenir de la génomique est presque maintenant

L'avenir de la génomique est presque maintenant

Stephen Hsu sur les développements à l'Institut de génomique de Beijing: Le directeur de BGI m'a dit que le taux de séquençage de 1 000 génomes (humains) par jour serait bientôt atteint (donc 10 à 5 à 10 6 génomes par an se profilent à l'horizon). Selon lui, ils peuvent être rentables au prix de 5 000 dollars par génome! [Précision:

Г – tzi, les rouleaux de la mer morte de la génomique?

Г – tzi, les rouleaux de la mer morte de la génomique?

Dienekes me signale le fait que Ewen Callaway sait ce qui se passe avec Г – tzi: Pour mieux maîtriser ses ancêtres et sa prédisposition à la maladie, Albert Zink, directeur de l'Institut des momies et de l'homme des glaces à Bolzano, et son équipe ont séquencé le génome nucléaire de 3 milliards de paires de base de tzi à partir d'un fragment d'os de la hanche. Leur séquenc

Jared Diamond avait raison!

Jared Diamond avait raison!

Au moins à propos de certaines choses. Dans Guns, Germs and Steel, il a fait valoir que la diffusion latitudinale de trousses à outils agricoles était beaucoup plus facile que la diffusion longitudinale . Cela semble juste, mais je soupçonne que Diamond n’a pas suffisamment insisté sur le fait que la diffusion et le remplacement démographiques peuvent suivre un schéma similaire. Je ne s

Plus de diversité dans le projet du génome personnel

Plus de diversité dans le projet du génome personnel

À la recherche de la diversité (surtout les familles): Parce que le PGP s’auto-recrute, nous n’avons pas un ensemble très équilibré de participants. «Auto-recrutement» signifie que tous les participants se sont inscrits à notre projet par le biais du bouche à oreille, ont trouvé notre site Web et se sont inscrits en ligne. En clair, ce

Technologie et génétique au 21ème siècle

Technologie et génétique au 21ème siècle

Je suppose qu'il y aura plus d'histoires comme celle-ci l'année prochaine, Gene Machine: La machine qui pourrait changer votre vie est un appareil compact de 24 pouces de largeur, 20 pouces de profondeur et 21 pouces de hauteur. En un coup d'œil, vous pourriez le prendre pour un jouet Playskool ou, mieux encore, pour l'ordinateur Apple II, qui a déclenché une révolution. En

Les adaptations climatiques et les Européens du Sud font partie de l'Afrique

Les adaptations climatiques et les Européens du Sud font partie de l'Afrique

Pas le temps de les bloguer maintenant. Je vais y arriver. Mais je tiens vraiment à vous signaler deux publications intéressantes sur PLoS Genetics (toutes les bonnes choses atterrissent vendredi!). Adaptations aux pressions sélectives induites par le climat chez l'homme: Les humains habitent des environnements extrêmement divers et l'adaptation par sélection naturelle a probablement joué un rôle central dans la capacité de survie et de prospérité dans les climats extrêmes. Contraire

Des cartes génétiques vraiment fines de l'Europe

Des cartes génétiques vraiment fines de l'Europe

Il y a quelques années, vous avez commencé à consulter des études portant sur plusieurs centaines d'individus (ou des milliers) de différentes régions, puis sur les deux plus grandes composantes de la variation génétique parmi des centaines de milliers de variantes. Les grappes qui sont sorties des données génétiques, chaque point étant la position d’un individu, ont été transposées sur une carte géographique. La figure à gauc